Hoạt động của KIBO được giám sát và điều khiển từ trung tâm xúc tiến và tích hợp trạm không gian (Space Station Integration and Promotion Center) thuộc trung tâm không gian Tsukuba của JAXA tại Tsukuba, Nhật Bản và trung tâm điều khiển sứ mệnh thuộc trung tâm không gian Johnson của NASA ở Houston, Hoa Kỳ. Một đội điều khiển bay của JAXA gồm các nhân viên chỉ huy chuyến bay và 50 nhân viên điều khiển bay sẽ đảm trách 10 lĩnh vực kỹ thuật khác nhau giúp KIBO hoạt động ổn định.